K-Dense-AI scientific-agent-skills
科学智能体技能 🔔
Claude 科学技能现已更名为科学智能体技能。技能不变，兼容性更广——现在支持任何遵循开放智能体技能标准的 AI 智能体，而不仅限于 Claude。
新功能：K-Dense BYOK — 一款免费、开源的 AI 协同科学家工具，可在你的桌面运行，由科学智能体技能驱动。自带 API 密钥，从 40 多种模型中选择，即可获得完整的研究工作空间，支持网络搜索、文件处理、100 多个科学数据库，以及本仓库中全部 135 项技能。你的数据保留在本地电脑上，还可选择通过 Modal 扩展至云端计算以处理繁重任务。点击此处开始使用。
本仓库由 K-Dense 创建，包含 135 项即开即用的科学与研究技能（涵盖癌症基因组学、药物-靶点结合、分子动力学、RNA 速率、地理空间科学、时间序列预测、通过 Hugging Science 发现的科学 ML 资源、78 个以上科学数据库等），适用于任何支持开放智能体技能标准的 AI 智能体。兼容 Cursor、Claude Code、Codex 等工具。将你的 AI 智能体转变为研究助手，能够在生物学、化学、医学等领域执行复杂的多步骤科学工作流。
这些技能使你的 AI 智能体能够无缝使用多个科学领域的专业科学库、数据库和工具。虽然智能体本身可以使用任何 Python 包或 API，但这些明确定义的技能提供了精心整理的文档和示例，使其在处理以下工作流时更强大、更可靠：
🧬 生物信息学与基因组学
- 序列分析、单细胞 RNA-seq、基因调控网络、变异注释、系统发育分析
- 分子性质预测、虚拟筛选、ADMET 分析、分子对接、先导化合物优化
- LC-MS/MS 处理、肽段鉴定、谱图匹配、蛋白质定量
- 临床试验、药物基因组学、变异解读、药物安全性、临床决策支持、治疗方案规划
- EHR 分析、生理信号处理、医学影像、临床预测模型
- DICOM 处理、全切片图像分析、计算病理学、放射学工作流
- 深度学习、强化学习、时间序列分析、模型可解释性、贝叶斯方法
- 晶体结构分析、相图、代谢建模、计算化学
- 天文数据分析、坐标变换、宇宙学计算、符号数学、物理计算
- 离散事件仿真、多目标优化、代谢工程、系统建模、过程优化
- 统计分析、网络分析、时间序列、出版级图表、大规模数据处理、探索性数据分析
- 卫星图像处理、GIS 分析、空间统计、地形分析、地球观测机器学习
- 液体处理协议、实验室设备控制、工作流自动化、LIMS 集成
- 文献综述、同行评审、科学写作、文档处理、海报、幻灯片、示意图、文献管理
- 多模态数据整合、通路分析、网络生物学、系统级洞察
- 蛋白质语言模型、结构预测、序列设计、功能注释
- 假设生成、科学头脑风暴、批判性思维、基金申请、学者评估
🧪 化学信息学与药物发现
🔬 蛋白质组学与质谱分析
🏥 临床研究与精准医学
🧠 医疗 AI 与临床机器学习
🖼️ 医学影像与数字病理学
🤖 机器学习与 AI
🔮 材料科学与化学
🌌 物理学与天文学
⚙️ 工程与仿真
📊 数据分析与可视化
🌍 地理空间科学与遥感
🧪 实验室自动化
📚 科学交流
🔬 多组学与系统生物学
🧬 蛋白质工程与设计
🎓 研究方法论
将你的 AI 编码智能体转变为桌面上的“AI 科学家”！
⭐ 如果你觉得这个仓库有用，请考虑给它一个星标！这有助于他人发现这些工具，并鼓励我们继续维护和扩展这个集合。
🎬 刚接触科学智能体技能？观看我们的《科学智能体技能入门》视频，快速了解使用方法。
📦 包含内容
本仓库提供 135 项科学与研究技能，分为以下类别：
100 多个科学与金融数据库
- 一个统一的数据库查询技能可直接访问 78 个公共数据库（PubChem、ChEMBL、UniProt、COSMIC、ClinicalTrials.gov、FRED、USPTO 等），此外还有针对 DepMap、Imaging Data Commons、PrimeKG、美国财政部财政数据以及 Hugging Science（Hugging Face 上涵盖 17 个科学领域的科学数据集、模型和演示的精选目录）的专用技能。多数据库包如 BioServices（约 40 个生物信息服务）、BioPython（通过 Entrez 访问 38 个 NCBI 子数据库）和 gget（20 多个基因组学数据库）进一步扩展了覆盖范围。
- 为 RDKit、Scanpy、PyTorch Lightning、scikit-learn、BioPython、pyzotero、BioServices、PennyLane、Qiskit、OpenMM、MDAnalysis、scVelo、TimesFM 等明确定义的技能——附带精心整理的文档、示例和最佳实践。注意：智能体不仅限于这些包，它可以使用任何 Python 包编写代码；这些技能只是为所列出的包提供了更强、更可靠的性能。
- 为 Benchling、DNAnexus、LatchBio、OMERO、Protocols.io、Open Notebook 等明确定义的技能。同样，智能体不限于这些——任何可通过 Python 访问的 API 或平台均可使用；这些技能是经过优化的、预置文档的路径。
- 文献综述、科学写作、同行评审、文档处理、海报、幻灯片、示意图、信息图、Mermaid 图表等。
- 假设生成、基金申请、临床决策支持、治疗方案规划。