K-Dense-AI scientific-agent-skills

科学智能体技能 🔔

Claude 科学技能现已更名为科学智能体技能。技能不变，兼容性更广——现在可与任何支持开放智能体技能标准的 AI 智能体配合使用，而不仅限于 Claude。

新功能：K-Dense BYOK — 一款免费、开源的 AI 协同科学家工具，可在你的桌面上运行，由科学智能体技能驱动。自带 API 密钥，从 40 多种模型中选择，即可获得完整的研究工作空间，支持网络搜索、文件处理、100 多个科学数据库，以及本仓库中的所有 135 项技能。你的数据保留在本地计算机上，还可选择通过 Modal 扩展到云端计算以处理繁重工作负载。从这里开始。

这是一个包含 135 项即用型科学与研究技能的全面集合（涵盖癌症基因组学、药物-靶点结合、分子动力学、RNA velocity、地理空间科学、时间序列预测、通过 Hugging Science 进行科学 ML 资源发现、78 个以上科学数据库等），适用于任何支持开放智能体技能标准的 AI 智能体，由 K-Dense 创建。可与 Cursor、Claude Code、Codex 等配合使用。

将你的 AI 智能体转变为研究助手，能够执行跨生物学、化学、医学等领域的复杂多步骤科学工作流。这些技能使你的 AI 智能体能够无缝使用多个科学领域的专业科学库、数据库和工具。虽然智能体本身可以使用任何 Python 包或 API，但这些明确定义的技能提供了精心整理的文档和示例，使其在处理以下工作流时更强大、更可靠：

🧬 生物信息学与基因组学

• 序列分析、单细胞 RNA-seq、基因调控网络、变异注释、系统发育分析

🧪 化学信息学与药物发现

• 分子性质预测、虚拟筛选、ADMET 分析、分子对接、先导化合物优化

🔬 蛋白质组学与质谱分析

• LC-MS/MS 处理、肽段鉴定、谱图匹配、蛋白质定量

🏥 临床研究与精准医学

• 临床试验、药物基因组学、变异解读、药物安全性、临床决策支持、治疗方案制定

🧠 医疗 AI 与临床机器学习

• EHR 分析、生理信号处理、医学影像、临床预测模型

🖼️ 医学影像与数字病理学

• DICOM 处理、全切片图像分析、计算病理学、放射学工作流

🤖 机器学习与 AI

• 深度学习、强化学习、时间序列分析、模型可解释性、贝叶斯方法

🔮 材料科学与化学

• 晶体结构分析、相图、代谢建模、计算化学

🌌 物理学与天文学

• 天文数据分析、坐标变换、宇宙学计算、符号数学、物理计算

⚙️ 工程与仿真

• 离散事件仿真、多目标优化、代谢工程、系统建模、过程优化

📊 数据分析与可视化

• 统计分析、网络分析、时间序列、出版级图表、大规模数据处理、探索性数据分析（EDA）

🌍 地理空间科学与遥感

• 卫星图像处理、GIS 分析、空间统计、地形分析、地球观测机器学习

🧪 实验室自动化

• 液体处理协议、实验室设备控制、工作流自动化、LIMS 集成

📚 科学交流

• 文献综述、同行评审、科学写作、文档处理、海报、幻灯片、示意图、文献管理

🔬 多组学与系统生物学

• 多模态数据整合、通路分析、网络生物学、系统级洞察

🧬 蛋白质工程与设计

• 蛋白质语言模型、结构预测、序列设计、功能注释

🎓 研究方法论

• 假设生成、科学头脑风暴、批判性思维、基金申请、学者评估

将你的 AI 编码智能体转变为桌面上的“AI 科学家”！

⭐ 如果你觉得这个仓库有用，请考虑给它一个星标！这有助于他人发现这些工具，并鼓励我们继续维护和扩展这个集合。

🎬 刚接触科学智能体技能？ 观看我们的《科学智能体技能入门》视频，快速了解操作流程。

📦 包含内容

本仓库提供 135 项科学与研究技能，分为以下类别：

100+ 科学与金融数据库

• 一个统一的数据库查询技能可直接访问 78 个公共数据库（PubChem、ChEMBL、UniProt、COSMIC、ClinicalTrials.gov、FRED、USPTO 等），此外还有针对 DepMap、Imaging Data Commons、PrimeKG、美国财政部财政数据以及 Hugging Science（Hugging Face 上涵盖 17 个科学领域的科学数据集、模型和演示的精选目录）的专用技能。
• 多数据库包如 BioServices（约 40 个生物信息服务）、BioPython（通过 Entrez 访问 38 个 NCBI 子数据库）和 gget（20 多个基因组学数据库）进一步扩展了覆盖范围。

70+ 优化后的 Python 包技能

• 为 RDKit、Scanpy、PyTorch Lightning、scikit-learn、BioPython、pyzotero、BioServices、PennyLane、Qiskit、OpenMM、MDAnalysis、scVelo、TimesFM 等明确定义的技能——附带精心整理的文档、示例和最佳实践。
• 注意：智能体不仅限于这些包，它可以使用任何 Python 包编写代码；这些技能只是为所列出的包提供了更强、更可靠的性能。

9 项科学集成技能

• 为 Benchling、DNAnexus、LatchBio、OMERO、Protocols.io、Open Notebook 等明确定义的技能。
• 同样，智能体不限于这些——任何可从 Python 访问的 API 或平台均可使用；这些技能是经过优化的、预置文档的路径。

30+ 分析与交流工具

• 文献综述、科学写作、同行评审、文档处理、海报、幻灯片、示意图、信息图、Mermaid 图表等。

10+ 研究与临床工具

• 假设生成、基金申请、临床决策支持、治疗方案制定。